Als Institutsleiter führt Professor Bauer eine Forschungsorganisation mit etwa 650 Mitarbeitern. Er verantwortet dabei Forschungs- und Umsetzungsprojekte in den Bereichen Innovationsforschung, Technologiemanagement, Leben und Arbeiten in der Zukunft, Smarter Cities. Als Mitglied in verschiedenen Gremien berät er Politik und Wirtschaft. Professor Bauer ist Autor von mehr als 350 wissenschaftlichen und technischen Veröffentlichungen. An den Universitäten Stuttgart und Hannover ist er Lehrbeauftragter. In 2012 erhielt Bauer die Ehrung des Landes Baden-Württemberg als „Übermorgenmacher“.
Wilhelm Bauer ist Vorsitzender des Fraunhofer-Verbund Innovationsforschung und Technologiebeauftragter des Landes Baden-Württemberg